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|本期目录/Table of Contents|

恶性肺结节差异表达基因的生物信息学分析(PDF)

《现代预防医学》[ISSN:1003-8507/CN:51-1365/R]

期数:
2020年03期
页码:
502-507
栏目:
实验技术及其应用
出版日期:
2020-02-15

文章信息/Info

Title:
Bioinformatics analysis of differentially expressed genes in malignant pulmonary nodules
作者:
满君1张晓梅2宋龙飞3
1.北京中医药大学,北京 100029;
2.北京中医药大学东方医院呼吸热病科,北京 100078;
3.潍坊医学院附属医院康复医学科,山东 潍坊 261031
Author(s):
MAN Jun* ZHANG Xiao-mei SONG Long-fei
*Beijing University of Chinese Medicine, Beijing, Beijing 100029, China
关键词:
恶性肺结节差异表达基因蛋白相互作用网络GO富集分析和KEGG通路分析关键基因
分类号:
R734.2
DOI:
-
文献标识码:
A
摘要:
目的 应用生物信息学方法挖掘恶性肺结节的相关基因,为恶性肺结节诊断和治疗提供靶点。方法 从GEO (Gene Expression Omnibus) 数据库中下载基因芯片数据集GSE108375和GSE27489,利用GEO2R筛选恶性肺结节的差异表达基因 (DEGs)。应用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块,筛选恶性肺结节关键基因。运用UCSC和ONCOMINE数据库中的临床组织样本验证靶基因与肺癌的关系。结果 初筛出62个DEGs,富集分析发现差异基因在细胞粘附、细胞迁移、受体激活、信号转导等方面存在显著富集。共筛选出ITGB2、RAC2、CD44、PECAM1、HCK、DOCK2、WAS、MYO1F、AIF1 9个恶性肺结节靶基因,经临床肺癌组织样本验证靶基因在肺癌组织中存在显著高表达。结论 通过生物信息学筛选出9个靶基因,表明其可能是恶性肺结节发病机制、临床诊断和治疗的研究靶点。

参考文献/References

-

备注/Memo

备注/Memo:
作者简介:满君(1988-),女,在读博士。研究方向:中医药防治呼吸系统疾病
通讯作者:张晓梅,E-mail:zhangxim6767@sina.com
更新日期/Last Update: 2020-02-15